ในปังบประมาณ พ.ศ. 2564 วิทยาลัยชุมชนนราธิวาส ได้ปรับโครงสร้างการบริหารงานภายใน เพื่อให้สอดคล้องกับพระราชบัญญัติสถาบันวิทยาลัยชุมชน พ.ศ.2558 มาตรา 8 เพื่อประโยชน์ในการจัดการศึกษาหลักสุตรอนุปริญญา ให้สถาบันเป็นสถานดึกษาซึ่งจัดการศึกษาโดยวิทยาลัยชุมชน มีวัตถุประสงค์เพื่อให้การศึกษาวิจัย บริการวิชาการ ทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม และส่งเสริมการเรียนรู้ตลอดชีวิต เพื่อสร้างความเข้นแข็งของท้องถิ่นและชุมชน การพัฒนาที่ยั่งยืน เสริมสร้างศักยภาพบุคคลตลอดชีวิต เสริมสร้างศักยภาพบุคคลตอบสนองและสอดคล้องต่อความต้องการและการประกอบอาชีพของท้องถิ่นและชุมชน ซึ่งนำไปสู่การ พัฒนาประเทศ โดยปรับโครงสร้างการบริหารงานภายในวิทยาลัยชุมชนนราธิวาสออกเป็น 3 สำนักประกอบด้วย สำนักอำนวยการ สำนักวิชาาร สำนักส่งเสริมการศึกษาและอาชีพ และแบ่งกลุ่มงานย่อยภายใต้สำนักต่างๆ ดังนี้